WinRoute reserve le port 21 pour les communications utilisant le protocole FTP. Dans quelques circonstances, généralement pour des raisons de sécurité, un serveur FTP peut être configuré pour utiliser un port différent. Quelques complications mineures apparaissent dans les scénarios de ce type. Les deux chapitres suivants expliquent les problèmes et les solutions connus aux problèmes résultant de l'allocation d'un port non standard aux serveurs FTP à l'intérieur et en dehors d'un réseau WinRoute.